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举凡有人的地方，就少不了争斗。而一旦许多人结成了组织，自然就会将这些争斗代入其中，形成派系。小到一个家族村镇，大到朝廷官府，无一不是如此。而中间品阶的术道宗派，自然也免不了陷入派系斗争，在这点上黑莲教倒不像其他宗派拼命想要隐瞒，他们丝毫没有掩饰的意思。以至于术道中人都知道，黑莲教内部斗争的大致情况。
总的来说，黑莲教的派系分为三股。分别为副教主、大长老和总护法。黑莲教的前身是光明神教，一度横扫天下术道，可惜因为野心太大，想要颠覆当时的朝廷，而被官府和术道诸派联手毁灭，自教主以下若干高层几乎全部被杀，精锐骨干也死的死，被抓的抓。当时一个长老带着半部《光明秘典》，借着密道给逃了出去，后来毁灭掉光明神教的临时术道联盟，很快便陷入了权力的斗争之中，联盟自然也是自动瓦解了。
谁也没有去注意到那个逃窜的长老，谁都没有在意那个连阴阳天都勉强踏入的小角色，毕竟死在他们刀下的光明神教的混元高手都难以计数。可是十年之后，当那个光明余孽再度出现时，他已经是跨越圣贤的存在了。谁也不知道他是如何修炼的，只知道他带着一名自称他师叔的老者，一出场便血洗了西北境内凶名赫赫的邪道宗派——铁木教。
一时间术道都开始传闻这个叫做吴不朽的术士，也开始关注他那个只有两人存在的宗派——黑莲教。
那个自称他师叔的老者便是后来黑莲教的大长老吴景云，作为黑莲教内部三大派系中早的存在。吴景云也算是最早和黑莲教主打江山的元老，他一手帮助黑莲教主夷灭邪道诸多宗派，收编了诸多势力。一阁二衙三大殿里，灵衙是那些战败给黑莲教，而乞降被收编的势力，这些势力部分被编入黑莲教总坛的四大铁卫，剩下的全部由吴景云统帅。而后来三大殿中的鬼府六师，也是由吴景云特意从三大殿抽离，改名为鬼衙，单独成列。实际上鬼府六师作为一支精锐暗杀部队，早已向大长老吴景云效忠了。当然前提是不背叛黑莲教主的情况。
待到黑莲教的势力急剧扩张之后，一些术道宗派也开始暗自提防，暗地里组织联盟，准备趁着黑莲教立足未稳之时，将其彻底绞杀。而黑莲教主当时正在率领主力精锐和西南一带最大的邪道势力——九轮宗对抗，若是轻易班师恐怕会军心大乱，腹背受敌。这时一个因为带着一百精锐弟子来暗中投靠，被委任为一个堂主的年轻术士，在议事大会上主动要求去说服对方，瓦解敌人的联盟。
当时黑莲教高层正为谁能接下这个烫手山芋而感到棘手之时，正好这个年轻术士跳了出来，他们巴不得有人出头，当即便让他去试试。就在众人以为他必死无疑之时，那个年轻术士却凭借出色的口才和强悍的应变能力，游走于诸多宗派之间，让他们联盟的时机大大拖延。由于联盟的各个宗派彼此之间，或多或少都存在着利益冲突或者矛盾，那名黑莲术士成功地将他们联盟的时间拖延了将近三个月，等到他返回总坛时，黑莲教主已经彻底夷灭了九轮宗，大胜而归，围剿联盟也就烟消云散，不复存在了。