而当初孙可望受抚的引路人杨畏知一贯尊主行事，闻讯后劝说可望：“‘秦’‘冀’等尔，假何如真？”孙可望嗤之以鼻，不予理睬。
杨畏知上朝痛哭自劾，言语中多有职责孙可望，遂被永历留为东阁大学士，与吴贞毓共同辅政，可望闻之大怒，派人召杨畏知至贵阳，当面责难，讥讽杨畏知忘恩负义，杨畏知忍无可忍，脱下头上冠击可望，遂被杀。
锦衣卫指挥使马吉翔是个奸佞之人，因在皇帝仓皇南逃途中十分殷勤谄媚，并献出四千两银子资助困顿贫苦的皇帝劳军抚众，深得永历帝以及太后欢心，以为这是个忠勤之人，赐他为永安侯，并以区区锦衣卫指挥使身份入内阁，执掌丝纶房，专可票拟，其宠信程度即便是有拥立之功的大学士瞿式耜都比不上。
一朝得势的马吉翔暗中结交大宦官庞天寿，两人沆瀣一气把持朝政，权倾朝野，并暗自投靠孙可望。
当时孙可望派出的部将是总兵曹延生、胡正国，庞天寿矫旨强行命令曹延生、胡正国与马吉翔结拜为兄弟，结拜后马吉翔对曹延生说：“秦王功德兼隆，天命已归，我意欲令主上行授禅事，你能替我办到吗？”曹延生、胡正国虽是武将，性实忠义，闻言愕然道：“此国家大事，您怎么能随便说呢？况且我等只是军官，只懂军事，其它不敢闻命。”
而曹延生、胡正国一向与大学士吴贞毓关系很好，把马吉翔的话都告诉了他，并且说道：“您是朝中重臣，安危系焉，宜劝皇上驻在广西境内，系属人心，号召远近，以阻奸谋。”
马吉翔得知后，暗中报告给孙可望，孙可望知道后暗恨吴贞毓，于是不肯出兵广西勤王。
此次得报清军两路夹击，满朝上下一片张惶，于是永历不得不答应赐封孙可望为秦王，同时赐封远在昆明练兵的李定国为西宁王，刘文秀为抚南王，希望孙可望以社稷为重，出兵抗敌，保卫行都。
孙可望遣部将郑国率兵至南宁，却只字不提保卫行都，反而一味趁机威逼迁都安龙。
郑国刚到南宁，焦琏与李元胤的捷报便先后传到，简直是喜从天降，开初满朝上下都不敢相信，经过几天的探听，永历君臣才解除了疑虑，顿时一片欢腾，于是朝中众臣纷纷上表阻止迁都，重新收拾已经打点好的逃难行装，准备重整河山了。
给事中徐极、员外郎林青阳、蔡绸、主事胡士瑞、张镌等人趁机联名具疏弹劾庞天寿与马吉翔外结藩镇，内弄权柄，媚及宫禁，欺妄朝廷。
永历对加封孙可望等为王之事正后悔不已，本就对极力怂恿的马吉翔心生不满，知道实情后对二人弄权再也无法容忍，准备追究了。
庞、马二人一方面求太后说情，一方面贿赂郑国以“盗宝矫诏、欺群害良”拟罪，派兵压阵火速擒拿了十八人下狱，欲斩吴贞毓以下十八朝臣。
瞿式耜、张同敞赶到南宁的时候，朝廷上下就处于这种风雨飘摇，无君无臣的纷乱怪相之中……
瞿式耜的突然归来，虽令永历帝大为振奋，然手中无兵的皇帝已然无力挽回局面，只有谕请瞿式耜速约林啸义军前来解救困局。
……
林啸与何守信通完话，思忖片刻后，立即召集李元胤和众兄弟商议此事。
鉴于孔有德清军主力已除，北上战事压力不大，决定由祝俞嘉、段正宏、张晨枫等人带领本部继续北上，相机收复柳州、桂林及周边州县；丁帅的一营则随林啸回师南宁。
由于缴获大批战马，林啸把全军将士全部改编为机动骑兵，部分不会骑马的暂时编入各营辎重连跟大车一起走，边行军边学习骑术。