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杨玉科想趁基隆空虚之时拿下这个要点，但行军途中，又一则坏消息传来，他派去支援台湾城的部队遭遇埋伏，损失惨重，退回嘉义。
联军乘胜追击随即重新占领嘉义，然后集中兵力进攻彰化周围的革命军，革命军不敌，北上与主力会合。联军再次掉头，围攻台湾府。
此刻，双方位置对调，联军主力到了台南，而革命军主力到了基隆，双方都想拿下对方的大本营。
杨玉科皱着眉看着当前的形势，一轮交战革命军现在只剩下不到四万人，而且辛苦打下的嘉义被占领，可以说后路、补给全被掐断。他现在有两条路可以选择，一是继续进攻基隆，夺下港口，重新建立据点，另一条就是沿台东返回台南，支援台湾城。但这条路路途遥远，而他现在时间已经过去了一个多月，就算能保住台南也是输了。
“全军进攻基隆！”杨玉科咬牙道，他决定孤注一掷。
基隆守军有一万五千人，但他们拥有完备的防御工事，死死抵住了革命军的进攻。
另一边，联军围攻五日后被判定攻下台湾城，随后陈玉成命令主力全部北上，准备与革命军决战。
杨玉科此时大汗淋淋，教官们判定他的弹药只够坚持四天，而基隆却仍未拿下。
“可恶，决不能输！”杨玉科继续猛攻基隆。
兵棋推演进入最后阶段，革命军终于攻下基隆，但联军主力已经到达，反将他们围在城中。
革命军弹尽粮绝，在英国舰队与联军的进攻下全军覆没。
“推演结束，陈玉成的联军胜！”
这一战陈玉成充分发挥了他长途奔袭的能力，不计较城池的得失，调动杨玉科的部署，最终看准破绽，将杨玉科打败。杨玉科的革命军无论士气、装备都要优于联军，但还是一败涂地，此刻终于意识到自己和陈玉成的差距。
杨玉科低下高傲的头颅，说道：“我输的心服口服！”
陈玉成一战折服杨玉科，现在他可以安心的指挥独立师了。
苏州，李秀成接连召开两次战前会议，部署天京解。九月，他亲自督率侍王李世贤、护王陈坤、听王陈炳文、来王陆顺德、堵王黄文金等十四个王十八万人救援天京。
此时，曾国荃会同曾宝贞、彭玉麟的水师共五万余人在雨花台下扎下营寨，深挖壕垒，一步步蚕食天京。
天京城内，勇王罗大刚、干王洪仁玕曾数次帅军进从城内攻曾国荃，无奈湘军据垒而守，火器齐全，太平军无功而返。
十月初，李秀成率领大军终于到达，随即分为东西两路进攻湘军大营。
曾国荃缩营自保，凭借深壕高垒，坚壁固守。太平军离得远就用开花弹轰炸。近了就用火枪，再近就用炮散弹，一轮下来，能冲进壕垒的太平军极少。